Dvoupaprskové spektrofotometry jsou plně ovládány pomocí PC s nainstalovaným softwarem. Ten umožňuje nastavení a uložení různých metod pro sběr a vyhodnocení dat. Měření při jedné nebo více vlnových délkách, analýza spektra – vyhodnocení píků, překrývání spekter, derivace sčítání, odečítání, vyhlazování spekter, monitorování v čase, měření Abs, %T, kvantitativní analýza – kalibrační křivky.